Відповідно до Постанови Кабінету Міністрів № 179 від 12 березня 2005 року „Про упорядкування структури апарату центральних органів виконавчої влади, їх територіальних підрозділів та місцевих державних адміністрацій” проведено відповідні зміни у структурі Міністерства фінансів України.

Така реорганізація мала на меті покращити функціонування Міністерства фінансів як центрального органу виконавчої влади. Зокрема, йдеться про спрощення механізму управління всіма організаційними процесами та про спрощення проходження документів до безпосередніх виконавців. Трирівневу структуру апарату Міністерства (департаменти, управління, відділи) було замінено на дворівневу (департаменти, відділи). При цьому кількість працівників за штатним розписом майже не змінилась – було 886 осіб, стало 884. Щодо структурних підрозділів, їх кількість зменшилась з 210 до 174 - станом на 1.09.2005 року.

Нова структура МФУ – на офіційному веб-сайті Міністерства.