История этого монастыря уходит вглубь веков, соприкасаясь со многими историческими событиями. Он существовал определённый отрезок времени, за который и впитывал в себя особенности этой эпохи. Пещеры до сих пор носят отпечатки того времени, и их история многослойна, да и сами они в разных своих участках могут относиться к разным историческим эпохам.

В конце XIX века были найдены пещеры монастыря, после чего монастырь был частично восстановлен в качестве скита Ионинского монастыря с церковью Рождества Богородицы. Никогда ещё исследователи не обнаруживали подобных пещер в столь неповреждённом виде. В этих тесных, холодных кельях в посте и молитве уединялись Зверинецкие монахи. Во время очередного нашествия татаро-монгол или половцев они были погребены здесь заживо.

Подвизавшиеся в этих пещерах подвижники причислены к лику Святых. Их мощи почивают не в первоначальном порядке, т.к. в разное время были многократно потревожены. Из синодика, обнаруженного над жертвенной нишей и надписей, уцелевших над некоторыми погребениями, известны имена игуменов Леонтия, Маркиана, Михаила, Мины, Климента, Мануила, а также преподобных Андроника печерника и Феодора Калики.

В статье одной дореволюционной газеты, посвященной открытию Зверинецких пещер, автор очень метко подметил: «Невозможно никакими словами передать то чувство какого-то покоя и каких-то совершенно неизведанных настроений, которые овладевают здесь, в глубине земли, в этой миниатюрной простой церкви, в полном отчуждении от всего земного и в соседстве с немыми останками братии неведомого монастыря! В ХХ веке… это очень поучительно».

Пещеры монастыря являются Памятником археологии национального значения. В настоящее время в пещерах монахами Ионинского монастыря возобновлены богослужения. Для богослужений используется пещерная церковь во имя Чуда Архангела Михаила в Хонех. Над одним из входов в пещеры возводится церковь Всех Зверинецких святых. А в 9 метрах от входа в пещеры строится скитская церковь Рождества Богородицы.

 
 Согласно одной из версий в пещерах скита могла храниться легендарная «Библиотека Ярослава Мудрого».