Головне управління ДПС у Дніпропетровській області звертає увагу, що правові основи функціонування системи електронного адміністрування (далі – СЕА) ПДВ регулюються ст. 200 прим. 1 Податкового кодексу України (далі – ПКУ) та регламентуються Порядком електронного адміністрування податку на додану вартість, затвердженим постановою Кабінету Міністрів України від 16 жовтня 2014 року № 569.
При цьому, з урахуванням змін внесених до ПКУ Законом України від  21 грудня 2016 року № 1797-VIII «Про внесення змін до Податкового кодексу України щодо покращення інвестиційного клімату в Україні», зокрема  ст. 200 прим. 1 ПКУ доповнено п. 200 прим. 1.9, яким передбачено, що у разі, якщо у платника податку загальна сума податкових зобов’язань, зазначених ним у поданих податкових деклараціях з урахуванням уточнюючих розрахунків до них, перевищує суму податку, що міститься в складених таким платником податкових накладних та розрахунках коригування до таких податкових накладних, зареєстрованих в Єдиному реєстрі податкових накладних (далі – ЄРПН) (Sперевищ), а сума, визначена п. 200 прим. 1.3 ст. 200 прим. 1 ПКУ (SНакл) є недостатньою для реєстрації таким платником податкової накладної або розрахунку коригування до такої податкової накладної за звітні періоди виникнення такого перевищення, платник податку має право зареєструвати податкову накладну або розрахунок коригування в ЄРПН на суму податку, що дорівнює значенню показника SПеревищ, зменшеного на суму задекларованих до сплати податкових зобов’язань за періоди починаючи з 1 липня 2015 року (включаючи податкові зобов’язання, які були сплачені платником податку, та податкові зобов’язання, які не були сплачені платником податку) та збільшеного на значення показника SПопРах незалежно від значення показника SНакл, визначеного відповідно до п. 200 прим. 1.3 ст. 200 прим. 1 ПКУ.
Платник податку має право зареєструвати в порядку, визначеному абзацом першим п. 200 прим. 1.9 ст. 200 прим. 1 ПКУ, тільки податкові накладні/розрахунки коригування до таких податкових накладних за звітні періоди, в яких виникло перевищення податкових зобов’язань, зазначених платником у поданих податкових деклараціях з урахуванням уточнюючих розрахунків до них, над сумою податку, що міститься в складених таким платником податкових накладних та розрахунках коригування до таких податкових накладних, зареєстрованих в ЄРПН (Sперевищ).
Після реєстрації таких податкових накладних в ЄРПН у СЕА ПДВ автоматично відбувається перерахунок показника SПеревищ за звітний період, в якому було складено таку податкову накладну, за результатами якого показник SПеревищ зменшується на суму податку вказану в зареєстрованій в ЄРПН податковій накладній/розрахунку коригування, та відповідно на таку суму податку збільшується значення показника SНаклВид. Зазначена інформація відображається у витязі з СЕА ПДВ.