Особливості справляння податку на додану вартість передбачають звільнення від оподаткування податком на додану вартість операцій з ввезення на митну територію України. Так, відповідно до пункту 76 підрозділу 2 розділу ХХ ПКУ, звільняються від оподаткування ПДВ операції з ввезення на митну територію України у митному режимі імпорту нового устаткування (обладнання) та комплектуючих виробів до нього, визначених у підпункті 15 пункту 4 розділу XXI "Прикінцеві та перехідні положення" Митного кодексу України, що ввозяться платником податку – інвестором із значними інвестиціями виключно для реалізації інвестиційного проєкту із значними інвестиціями на виконання спеціального інвестиційного договору за  наступними товарними підкатегоріями згідно з УКТ ЗЕД: із групи   84  «реактори ядерні, котли, машини, обладнання і механічні пристрої; їх частини»  за такими кодами:  8402 - 8405, 8406 82 00 10, 8406 82 00 90, 8411, 8412, 8413 40 00 00, 8413 50, 8413 60 20 00, 8413 60 70 00, 8413 60 80 00, 8413 70 21 00, 8413 70 29 00, 8413 70 30 00, 8413 70 35 00, 8413 81 00 00, 8413 82 00 00, 8414 10, 8414 40 90 00, 8414 80, 8416, 8417, 8418 (крім  8418 10 20 10, 8418 10 80 10, 8418 21, 8418 29 00 00, 8418 50, 8418 91 00 00, 8418 99),  8419, 8420, 8421, 8422 (крім 8422 11 00 00),  8423 (крім  8423 10 10 00, 8423 81 25 00, 8423 90),  8424 10 00 90, 8425 (крім  8425 41 00 00, 8425 42 00 00, 8425 49 00 00), 8426 - 8431, 8433 60 00 00, 8434, 8435  (тільки машини та механізми для виробництва соків або аналогічних напоїв), 8436 - 8442, 8443 (крім 8443 13 10 00), 8444 00, 8445 - 8448, 8449 00 00 00, 8451, 8452 (крім 8452 10, 8452 30 00 00, 8452 90 00 00), 8453 - 8466, 8470 30 00 00, 8471 50 00 00, 8472 30 00 00, 8474, 8475, 8477, 8479, 8480, 8481 (крім 8481 80), 8483, 8486, 8487, із групи 85 «електричні машини, обладнання та їх частини; апаратура для запису або відтворення звуку; телевізійна апаратура для запису та відтворення зображення і звуку, їх частини та приладдя» за такими кодами: 8501, 8502, 8503 00, 8504, 8506, 8507, 8511, 8514, 8515, 8525, 8526, 8528, 8529, 8530, 8537, 8538 10 00 00, 8543, із групи 86  «залізничні локомотиви або моторні вагони трамвая, рухомий склад та їх частини; шляхове обладнання та пристрої для залізниць або трамвайних колій та їх частини; механічне (у тому числі електромеханічне) сигналізаційне обладнання всіх видів» за такими кодами: 8607, 8608 00 00 00, із групи 87 «засоби наземного транспорту, крім залізничного або трамвайного рухомого складу, їх частини та обладнання» за кодом 8709, із групи 90 «прилади та апарати оптичні, фотографічні, кінематографічні, контрольні, вимірювальні, прецизійні; медичні або хірургічні; їх частини та приладдя»  за такими кодами: 9006 30 00 00 (тільки для фотокамер, призначених для медичного та хірургічного обстеження внутрішніх органів), 9007, 9008, 9010 50 00 00, 9010 90 20 00, 9011, 9012, 9018 (крім 9018 31, 9018 32, 9018 39 00 00), 9019, 9020 00 00 00, 9022, 9023 00, 9024, 9026, 9027, 9030, 9031, 9032. При цьому, перелік та обсяги ввезення таких товарів затверджуються Кабінетом Міністрів України разом з укладенням спеціального інвестиційного договору.
Звільнення від оподаткування податком на додану вартість застосовується в межах строку реалізації інвестиційного проєкту та невикористаного на момент митного оформлення товарів загального обсягу надання державної підтримки, визначеного у спеціальному інвестиційному договорі, з урахуванням даних реєстру інвестиційних проєктів із значними інвестиціями щодо обсягу такої підтримки, а також дати та часу внесення відповідних відомостей до такого реєстру. При цьому таке звільнення від оподаткування до моменту отримання контролюючим органом відомостей про досягнення/перевищення загального обсягу державної підтримки або про припинення надання такої підтримки відповідно до реєстру інвестиційних проєктів із значними інвестиціями не вважається порушенням податкового законодавства і не тягне за собою виникнення обов'язку із сплати податку на додану вартість та/або пені.
Суми податку на додану вартість, не сплачені до бюджету у зв'язку із застосуванням звільнення від оподаткування податком на додану вартість до дати отримання контролюючим органом відомостей про таке досягнення/перевищення або про припинення надання такої підтримки відповідно до реєстру інвестиційних проєктів із значними інвестиціями, підлягають відшкодуванню платником податку – інвестором із значними інвестиціями в порядку, передбаченому законодавством та відповідним спеціальним інвестиційним договором, та на них не поширюються норми ПКУ щодо погашення податкового боргу.
Звертаємо увагу, що у разі відчуження устаткування (обладнання) та комплектуючих виробів до нього, ввезених на митну територію України у такому порядку, раніше п'яти років з дати ввезення їх на митну територію України чи у разі їх нецільового використання або дострокового припинення спеціального інвестиційного договору (крім випадків, якщо дострокове припинення спеціального інвестиційного договору зумовлене порушенням зобов'язань держави щодо надання державної підтримки за спеціальним інвестиційним договором або виникненням форс-мажорних обставин (обставин непереборної сили) платник податку – інвестор із значними інвестиціями зобов'язаний сплатити податкові зобов'язання за результатами податкового періоду, на який припадає таке відчуження, нецільове використання чи дострокове припинення спеціального інвестиційного договору, на суму податку на додану вартість, що мала бути сплачена при ввезені на митну територію України таких товарів, а також зобов'язаний сплатити пеню відповідно до ПКУ, розраховану з дня ввезення на митну територію України до дня збільшення податкового зобов'язання. При цьому встановлені статтею 102 ПКУ строки давності не застосовуються.
Також зазначаємо, що положення пункту 76 підрозділу 2 розділу ХХ ПКУ не поширюються на товари, що мають походження з країни, визнаної державою-окупантом згідно із законом та/або державою – агресором щодо України згідно із законодавством, або ввозяться з території держави-окупанта (агресора) та/або з окупованої території України, визначеної такою згідно із законом.