Перевантаження товарів, що переміщуються у митному режимі транзиту, з одного транспортного засобу на інший допускається з дозволу територіального органу ДФС, в зоні діяльності якого проводиться перевантаження. Допускається перевантаження без дозволу, але з попереднім інформуванням органу, якщо воно буде здійснене без порушення митних пломб та інших засобів забезпечення ідентифікації. Проведення угрупування пакувальних місць, зміна упаковки, маркування, сортування, а також ремонт та заміна пошкодженої упаковки здійснюються з дозволу органу ДФС.

Для отримання дозволу особою, відповідальною за дотримання вимог митного режиму, подається тільки товарно-транспортний документ на перевезення товару. У разі відмови у наданні дозволу орган фіскальної служби зобов'язаний невідкладно письмово або в електронній формі повідомити особі, яка звернулася з проханням надати дозвіл, про причини і підстави такої відмови. Під час переміщення товарів у митному режимі транзиту дозволяється здійснення заміни моторного транспортного засобу з попереднім інформуванням органу фіскальної служби призначення про причини такої заміни, якщо така заміна не потребує перевантаження товарів.